スクリプト
#!/bin/sh
sed -i -e '/^#/s/banana/strawberry/' test.txt
変換対象ファイル
test.txt
apple
banana
orange
#apple
#banana
#orange
実行結果
test.txt
apple
banana
orange
#apple
#strawberry
#orange
説明
-i
対象ファイルを直接編集
-e
後に続くスクリプトを実行
'/^#/s/banana/strawberry/g'
行頭が#の行を対象に(^#)行内全て(g)の「banana」の文字列を「strawberry」に置換(s/banana/strawberry/)
※置換対象文字列にも正規表現は使用可